Tình huống xuất hiện biến thể mới nguy hiểm, khả năng lây lan nhanh, làm giảm hiệu quả vắc xin hoặc miễn dịch. Điều này khiến số ca mắc, nặng hoặc tử vong tăng lên. Dịch có nguy cơ bùng phát mạnh trên diện rộng, vượt quá năng lực của hệ thống y tế. Theo đó, phương án nêu rõ mục tiêu liên quan đến tình huống này. Đó là nâng cao năng lực ứng phó, sẵn sàng đáp ứng phù hợp, hiệu quả trong tình huống dịch Covid-19 có biến chủng mới nguy hiểm hơn. Qua đó bảo đảm kiểm soát dịch hiệu quả, kiểm soát tốc độ lây lan trong cộng đồng, bảo vệ tối đa sức khỏe, tính mạng của người dân; hạn chế đến mức thấp nhất các trường hợp mắc bệnh nặng, tử vong do Covid-19; tránh quá tải hệ thống y tế, góp phần khôi phục và phát triển kinh tế – xã hội.
Cùng với đó, một số giải pháp được đề ra khi có biến chủng mới nguy hiểm. Đó là thực hiện 3 “trụ cột” trong phòng chống dịch Covid-19 (cách ly, xét nghiệm, điều trị). Cụ thể, cách ly nhanh, hẹp, nghiêm, có lộ trình giải pháp phù hợp, hiệu quả để sớm kết thúc cách ly, phong tỏa; xét nghiệm thần tốc đảm bảo khoa học, hợp lý, tiết kiệm theo hướng dẫn Bộ Y tế; điều trị tích cực từ sớm, từ xa ngay tại cơ sở góp phần giảm chuyển nặng, tử vong. Đồng thời, thực hiện phương châm 5K (vắc xin + điều trị + công nghệ + đề cao ý thức người dân + các biện pháp cần thiết khác).
Bên cạnh đó, phương án cũng đề ra các nhóm nhiệm vụ và giải pháp liên quan đến công tác chỉ đạo điều hành, công tác chuyên môn về y tế, hậu cần, công tác truyền thông, tập huấn, ứng dụng công nghệ thông tin và công tác phối hợp.