Theo chức năng nhiệm vụ được giao, các đơn vị khẩn trương thực hiện nội dung của Bộ Y tế. Cụ thể, đánh giá nguy cơ dịch bệnh, tổ chức giám sát, phát hiện kịp thời và xử lý triệt để các ổ dịch bệnh truyền nhiễm xảy ra tại các vùng bị ảnh hưởng do mưa lũ. Các ổ dịch bệnh truyền nhiễm gồm tiêu chảy, đau mắt đỏ, viêm đường hô hấp, nấm kẽ chân, cúm, sốt xuất huyết; đặc biệt là cần đề phòng các bệnh lây truyền qua đường tiêu hóa như tiêu chảy, tả, lỵ, thương hàn.. Sẵn sàng, chủ động triển khai các phương án phòng, chống dịch bệnh khi có tình huống xảy ra; củng cố và duy trì thường trực các đội cơ động chống dịch hỗ trợ tuyến dưới trong giám sát, xử lý dịch bệnh và các bệnh truyền nhiễm lưu hành trong điều kiện mưa lũ, ngập lụt.
Đảm bảo dự trữ, cung cấp đầy đủ nước sạch tại các địa bàn bị ảnh hưởng. Tăng cường kiểm tra, giám sát chất lượng nước sạch sử dụng cho mục đích sinh hoạt; cung cấp đủ hóa chất có giấy phép lưu hành còn hiệu lực, còn hạn sử dụng để xử lý nước trong trường hợp khẩn cấp và hướng dẫn các biện pháp xử lý nước trong mưa lũ, ngập lụt. Thực hiện vệ sinh môi trường sau mưa lũ, ngập lụt theo phương châm nước rút đến đâu làm vệ sinh môi trường đến đó; tổ chức thu gom, sử dụng vôi bột hoặc các hóa chất để xử lý khi chôn xác động vật tránh phát sinh các dịch, bệnh truyền nhiễm. Phun hóa chất diệt côn trùng truyền bệnh tại các vùng có nguy cơ.
Các cơ sở y tế đảm bảo đầy đủ nhân lực, thuốc, hóa chất, trang thiết bị phục vụ phòng, chống dịch bệnh trong vùng mưa lũ, ngập lụt. Đồng thời, bảo đảm thường trực cấp cứu khám chữa bệnh trong và ngoài cơ sở y tế. Sẵn sàng thu dung cấp cứu người bệnh, có phương án ứng phó khi có dịch bệnh xảy ra tại các vùng bị mưa lũ, ngập lụt.
Thêm vào đó, tuyên truyền, hướng dẫn người dân trong vùng bị ảnh hưởng về nguy cơ dịch bệnh, các biện pháp xử lý nước, môi trường trong tình trạng khẩn cấp, các biện pháp phòng, chống dịch bệnh thường gặp trong mưa lũ, ngập lụt.