Theo đó, mục tiêu cụ thể của chương trình là hàng năm, ít nhất 200.000 con giống thủy sản các loại được thả tái tạo xuống các môi trường thủy vực; 100% các xã có lưu vực nước tự nhiên tổ chức hoạt động thả giống tái tạo nguồn lợi thủy sản vào vùng nước tự nhiên tại địa phương. Đến năm 2030, các xã có gắn phát triển công trình thủy lợi đa mục tiêu xây dựng nông thôn mới, du lịch sinh thái kết hợp phát triển nuôi trồng thủy sản nhằm cải thiện sinh kế, nâng cao đời sống của cộng đồng dân cư. Tham gia vào hệ thống cơ sở dữ liệu thành phần về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản, tích hợp đồng bộ vào cơ sở dữ liệu quốc gia về thủy sản, phục vụ công tác quản lý.

Mục đích của chương trình là tổ chức triển khai thực hiện có hiệu quả Luật Thủy sản năm 2017, Nghị định 38/2024/NĐ-CP của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính lĩnh vực thủy sản; Thông tư số 19/2018 của Bộ Nông nghiệp và PTNT hướng dẫn về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản và các văn bản pháp luật liên quan khác. Qua đó, thực hiện tốt công tác bảo vệ, tái tạo và phát triển nguồn lợi thủy sản ở các thủy vực tự nhiên; duy trì, bảo tồn đa dạng sinh học; khai thác nguồn lợi bền vững; nâng cao hiệu quả nuôi trồng thủy sản. Đồng thời, kiểm soát chặt chẽ, xử lý các đối tượng vi phạm các hoạt động khai thác, vận chuyển, buôn bán, tiêu thụ các loài thủy sinh vật quý hiếm nằm trong danh mục cấm; những loài thủy sinh vật ngoại lai có nguy cơ xâm hại.
Việc thực hiện kế hoạch còn nhằm nâng cao nhận thức của các tổ chức, cá nhân, cộng đồng dân cư về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản; trách nhiệm của các cơ quan, đơn vị liên quan trong việc quản lý khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản trên địa bàn. Song song đó, xử lý các tổ chức, cá nhân vi phạm quy định về sử dụng xung điện, chất độc, chất nổ… để khai thác thủy sản theo quy định. Bên cạnh đó, khuyến khích và đẩy mạnh xã hội hóa hoạt động bảo vệ, tái tạo và phát triển nguồn lợi thủy sản; tổ chức thông tin, tuyên truyền rộng rãi đến người dân về các hành vi bị cấm trong hoạt động khai thác thủy sản, các hoạt động bảo vệ, tái tạo và phát triển nguồn lợi thủy sản và quy định pháp luật có liên quan.